Англиканская церковь
Храм был построен в 1819–1822 годах по проекту архитектора Э. Х. Анерта общиной проживавших в Кронштадте англичан. Богослужения в ней совершались до 1902 года, когда, в связи с уменьшением количества англичан, они были прекращены. Община решила продать эту церковь с участком с условием, что в здании будет устроен или храм, или дом для религиозной деятельности.
Эстонская церковь
К началу XX века в Кронштадте проживала многочисленная эстонская община. В 1888 году община получила свой приход, но собственной церкви православные эстонцы не имели, и богослужения для них совершалось нерегулярно в разных храмах. При этом в великие праздники, в связи с занятостью храмов, часто возникала ситуация, когда эстонцы оставались без богослужения на их родном языке.
Приписного священника Кронштадтского Андреевского собора, будущего настоятеля Крестовоздвиженской церкви отца Николая Симо такое положение эстонской общины Кронштадта и Петергофа очень огорчало. Первоначально он планировал построить новое здание. В помощь общине потомственный почётный гражданин Н. А. Туркин выделил средства на строительство, а проект храма был выполнен архитектором А. И. фон Гогеном. Однако недостаток средств и долгое согласование выделения участка не позволили осуществиться этому проекту.
В результате 4 (17) июля 1902 года Н. А. Туркин приобрёл на собственные средства здание англиканской церкви и прилегающий к ней участок на углу Андреевской и Александровской улиц и 7 (20) июля пожертвовал их Кронштадтскому эстонскому обществу. На средства Н. А. Туркина здание было приспособлено под православный храм.
1 (14) декабря 1902 года церковь была освящена отцом Иоанном Кронштадтским, а её настоятелем стал отец Николай Симо.
29 октября (10 ноября) 1906 года епископ Нарвский Антонин (Грановский) совершил в храме освящение второго придела во имя преподобного Серафима Саровского.
С 1917 года храм был приписан к Андреевскому собору.
После революции
В 1921 году, в связи с арестом протоиерея Николая, церковь была закрыта на несколько месяцев. Однако верующим удалось добиться открытия храма. Окончательно церковь была закрыта в 1931 году.
После закрытия колокола и церковная утварь были сданы в металлолом. Ларец с мощами, находившийся под престолом, был передан антирелигиозному музею. Само здание перешло в ведомство отдела коммунального хозяйства и было перестроено под общежитие. Долгое время в нем находилось Кронштадтское РСУ.
Архитектура и убранство
Каменная церковь была рассчитана на 1000 человек. Здание было оштукатурено, построено на цоколе. К церкви была пристроена каменная колокольня с колоннадой на третьем ярусе. Над алтарной частью при перестройке была возведена главка. Внутренний зал высокий, двухсветный. Алтарь был расписной. В алтаре был мраморный пол, под которым находился ларец с частицами святых мощей.